2001年3月30日，按照《中华人民共和国证券法》关于证券登记结算集中统一运营的要求，经国务院同意，中国证监会批准，中国证券登记结算有限公司组建成立，总部设在北京。同年9月，中国证券登记结算有限公司在上海、深圳的分公司正式成立。从2001年10月1日起，中国证券登记结算有限公司承接了原来隶属于上海证券交易所和深圳证券交易所的全部登记结算业务，标志着全国集中统一的证券登记结算体制的组织架构已经基本形成。

中国证券登记结算有限责任公司的总资本为人民币12亿元，上海证券交易所和深圳证券交易所是公司的两个股东，各持50％的股份。中国证监会是公司的主管部门。

公司的宗旨是，建立一个符合规范化、市场化和国际化要求，具有开放性、拓展性特点，有效防范市场风险和提高市场效率，能够更好地为中国证券市场未来发展服务的集中统一的证券登记结算体系。