C.哥伦布发现美洲后，罗马教皇于1493年发布关于基督教世界的分界线，把新大陆定为天主教的世界。16世纪宗教改革后，原来信奉天主教的许多欧洲国家改信新教，但西班牙和葡萄牙仍然保留天主教制度，并成为天主教最巩固的堡垒。为巩固殖民统治和弥补天主教在欧洲宗教改革运动中的损失，西班牙和葡萄牙王室在罗马教皇的支持下，把天主教强加给拉丁美洲。

西属美洲殖民地教会1493年，西班牙的第一批传教士到达美洲，在埃斯帕尼奥拉建立美洲第一个教会组织。尔后西班牙传教士纷至沓来，到美洲各地宣传教义，组织教会，更大规模地从事传教活动。16世纪中，在圣多明各、墨西哥和利马设立三个大主教区。到殖民统治末期，西属美洲已建立10个大主教区和38个主教区。

从1520年开始，天主教会的各类传教会如圣方济各会、多米尼克(即多明我)派、奥古斯丁派以及耶稣会派等,纷纷前往拉丁美洲进行传教活动。此外,传教会还在各地建立为数众多的修道院和其他寺院。在这些教会和寺院中有数以万计的神甫、僧侣和修女在巴拉圭,耶稣会的教士特别活跃,建立了所谓“基督教共和国”。(见彩图[耶稣会传教士在巴拉圭建立的传教村(17世纪)])

在传教过程中,西班牙国王同罗马教皇不断交涉,获得许多直接管理殖民地教会的权力。1501年11月，教皇亚历山大六世（1492～1503在位）颁布训谕，允许西班牙国王在殖民地征收什一税。1508年7月,教皇尤利乌斯二世（1503～1513在位）又颁布训谕，赋予西班牙国王享有一种特殊的“推荐权”，其权利包括任命高级教士和宗教裁判所审判官，划定教区疆界，批准建筑教堂和修道院，召开宗教会议以及限制教会财产等。天主教在殖民地有一整套自上而下的、与殖民地行政机构平行的组织机构，受西班牙印度等地事务院的直接领导。大主教、主教和教团会长等高级僧侣由国王任命，神甫等比较低级的教士则由总督和督军指派。实际上这些教职人员就是王国官僚机构中的官员，天主教会已成为西属美洲殖民统治机构的一个组成部分。

天主教在西班牙殖民者征服和统治拉丁美洲人民中起着重要的作用。在征服美洲过程中，天主教僧侣与殖民者紧相配合，强迫印第安人信奉天主教，以削弱印第安人的反抗斗争，劝导他们接受当前的悲惨命运，以换取来世的所谓“乐园”。在西属美洲，天主教不仅是精神统治者，亦是世俗统治者。在社会生活方面，教会的各级教士干预着一切重要事务。殖民地人民出生后要接受教会的洗礼，结婚、殡葬都要受教会的管辖。在文化教育事业方面，所有运到西属美洲的书籍，都要事先经过教会的严格检查。各地学校，或系教会建立，或受教会监督，并规定神学为大学的主要课程。此外，教会还控制各种慈善事业，如医院、孤儿院以及济贫所等。在经济方面，教会控制殖民地的大量财富，是殖民地最大的财产所有者。在殖民统治末期，教会占有拉丁美洲全部土地的1/3以上。在墨西哥、秘鲁、哥伦比亚和厄瓜多尔，教会差不多拥有全国土地的1/2。此外,教会还通过向人民征收什一税,经营各种商业、工业和采矿业,发放高利贷，贩卖赎罪券，接受馈赠和没收“异教徒”产业等办法，聚敛大量财富。在奴役和压迫殖民地人民方面，教会比世俗统治者有过之而无不及。在教会所拥有的庄园和领地中，教会经常强迫印第安人从事奴隶般的劳动，并强迫他们无偿地修建教会建筑物。教会寺院还对每一个有“背叛”嫌疑的人进行鞭打、拷问、监禁和处以肉刑1569年,西班牙国王腓力二世命令在殖民地建立宗教裁判所，人民对天主教教义稍有怀疑就会遭到逮捕、监禁和严厉惩处。在殖民统治300年间,以“异端”罪名被烧死者达71人，被投入监狱的不计其数。

葡属巴西殖民地教会天主教在传入西属美洲地区同时，亦传入巴西。1551年，罗马教皇颁布训谕，允许葡萄牙国王掌握巴西教会的最高权力，并有权指派教会高级教士和征收什一税。1552年，天主教会在巴伊亚开始建立第一个主教区。从此以后，巴西各地开始建立主教区。到殖民统治末期，巴西共设立1个大主教区和9个主教区。与西属美洲一样，天主教对于葡萄牙统治巴西起着重要作用。

不过，巴西的天主教亦有其本身的特点：①同西班牙殖民地不同，天主教会在巴西缺乏宗主国的有力支持，教会主要由本地大地主官僚所支配；②天主教在巴西不拥有象西属美洲地区那样多的土地和财产，在巴西的社会地位、作用和影响亦远远不象西属美洲那样大；③巴西虽然有宗教裁判所，但巴西的天主教对人民的控制程度不如在西属美洲地区那样牢固。

19世纪初，由于资本主义的发展和天主教压迫的加深，拉丁美洲人民开始提出了实行政教分离和取消天主教会特权的要求。在独立运动中，天主教会的权利受到一定的限制，宗教裁判所被取消。独立运动以后，拉丁美洲各国天主教势力进一步被削弱。许多国家，如墨西哥（1857）、洪都拉斯(1880)、萨尔瓦多(1886)、巴西(1891)和智利(1925)等，先后实行了政教分离，教会的财产被没收，教会学校被关闭，教会的某些权利被剥夺，有些高级传教士被监禁和放逐。随着科学文化教育的发展，人们对宗教的信仰也日益淡薄。

拉丁美洲的印第安人、黑人对天主教会的奴役和压迫进行了顽强的反抗，尽管教会费尽心机，极力扩大影响，但直到今天，印第安人的传统信仰和非洲黑人的旧有宗教，仍然在基督教义的掩饰下，在大多数印第安人和黑人中间保存着。

在殖民统治时期,除西、葡殖民地信仰天主教外,法属马提尼克、瓜德罗普等殖民地亦信奉天主教而英荷在加勒比海和圭亚那的殖民地则信仰新教。